Theo quy trình quản lý thu của dự án, cơ quan thuế, hải quan, KBNN và các NHTM thực hiện việc truyền và nhận dữ liệu danh mục dùng chung; cung cấp đầy đủ, chính xác, kịp thời thông tin về mã số thuế, tên người nộp, mục lục ngân sách, kỳ thuế, số thuế phải nộp của từng người nộp, danh sách tờ khai hải quan và các thông tin dữ liệu trên tờ khai hải quan; tổ chức nhận chứng từ thu NSNN từ KBNN và đối chiếu số đã thu với KBNN.
Tuy nhiên, Tổng cục Hải quan đã có phản ánh về tình trạng, vẫn còn một số đơn vị KBNN tỉnh, thành phố chậm cập nhật và truyền Bảng kê chứng từ nộp NSNN, gây ảnh hưởng đến việc thông quan hàng hoá XNK và tính phạt chậm nộp thuế cho người nộp thuế./.