Theo đó, tại khoản 2 Điều 2 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu quy định, hàng hóa xuất khẩu từ thị trường trong nước vào khu phi thuế quan, hàng hóa nhập khẩu từ khu phi thuế quan vào thị trường trong nước thuộc đối tượng chịu thuế.

Cũng tại khoản 1 Điều 4 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu quy định quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa giữa khu phi thuế quan với bên ngoài là quan hệ xuất nhập khẩu.

Ngoài ra, tại Điều 4 Luật Thuế giá trị gia tăng và điểm c khoản 3 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP cũng quy định cụ thể về người nộp thuế và hồ sơ khai thuế; Điều 30 Nghị định 82/2018/NĐ-CP quy định về quản lý khu công nghiệp và khu kinh tế; khoản 1 Điều 3 Nghị định 09/2021/NĐ-CP; điểm b khoản 1 Điều 74 và khoản 1 Điều 78 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 50 và khoản 54 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC cũng nêu rõ.

Đặc biệt, tại Điều 9, 16 và 22 Thông tư 219/2013/TT-BTC quy định đối tượng được áp dụng mức thuế suất thuế GTGT 0% cũng như điều kiện khấu trừ, hoàn thuế đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu và tổ chức thu thuế giá trị gia tăng.

Đối chiếu với các quy định hiện hành và trên cơ sở kết quả thanh tra của Cục Hải quan Hà Nam Ninh tại trụ sở Công ty TNHH kỹ thuật bao bì MYS Group (Việt Nam), Tổng cục Hải quan giao Cục Hải quan Hà Nam Ninh thực hiện một số quy định cụ thể.

Theo Tổng cục Hải quan, quy định tại pháp luật về thuế giá trị gia tăng về quản lý thuế thì doanh nghiệp chế xuất không phải là người nộp thuế giá trị gia tăng. Tuy nhiên, trên hệ thống kê khai của cơ quan Thuế, Công ty TNHH kỹ thuật bao bì MYS Group đã nộp tờ khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ và là người nộp thuế giá trị gia tăng từ quý 4/2020.

Do đó, Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan Hà Nam Ninh kiểm tra, làm rõ thông tin trong thời gian từ khi được cấp Giấy chứng nhận đầu tư lần đầu (là doanh nghiệp chế xuất) đến khi được cấp Giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh lần thứ nhất (chuyển đổi từ loại hình doanh nghiệp chế xuất sang doanh nghiệp không hưởng chế độ chính sách doanh nghiệp chế xuất) - giai đoạn từ ngày 16/12/2019 đến ngày 26/8/2021, Công ty TNHH kỹ thuật bao bì MYS Group đã được xác nhận đủ điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định hoặc có cam kết về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan để được hưởng chính sách thuế đối với doanh nghiệp chế xuất hay không, trên cơ sở đó áp dụng chính sách thuế theo đúng quy định./.