Trước vướng mắc của DN về việc kiểm tra trước hoặc sau hoàn thuế đối các hồ sơ thuộc diện hoàn thuế, đối chiếu với các quy định hiện hành, Tổng cục Hải quan cho biết, việc kiểm tra sau hoàn thuế đối với các hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước được thực hiện trên nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế đối với các quyết định hoàn thuế ban hành tại thời điểm Luật Quản lý số 78/2006/QH11 có hiệu lực, trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế đối với các quyết định hoàn thuế ban hành tại thời điểm Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 có hiệu lực.

Đối với thanh tra, kiểm tra hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, theo Tổng cục Hải quan, việc thanh tra chuyên ngành đối với các DN dựa trên cơ sở thu thập tổng thể số liệu, tình hình về quá trình hoạt động xuất nhập khẩu; quá trình chấp hành pháp luật về hải quan, về thuế của DN trong một khoảng thời gian dài (thường từ 3-5 năm).

Hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau của DN là một phần trong việc thu thập tổng thể số liệu, tình hình nêu trên để làm cơ sở xem xét, đánh giá, lựa chọn đối tượng, đề xuất cấp có thẩm quyền phê duyệt kế hoạch thanh tra chuyên ngành.

Việc lựa chọn đối tượng (DN) thanh tra chuyên ngành còn căn cứ vào một số vấn đề như: định hướng thanh tra chuyên ngành hàng năm của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan; kết quả tự thu thập số liệu, tình hình, rà soát; chuyên đề trọng điểm theo chỉ đạo của cấp trên...

Khi tiến hành tranh tra chuyên ngành đối với DN, nội dung, phạm vi thanh tra gồm nhiều hoạt động, quá trình của DN, thời kỳ thanh tra dài vài năm, không chỉ thanh tra riêng đối với hồ sơ hoàn thuế.

Do đó, theo Tổng cục Hải quan, các hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế của DN vẫn có thể thuộc phạm vi được thanh tra, kiểm tra của cơ quan hải quan theo quy định.