Theo dự thảo thông tư, tổ chức thu phí thực hiện kê khai, nộp số tiền phí thu được theo tháng, quyết toán năm theo quy định tại Luật Quản lý thuế, Nghị định số 126/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế.

Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước thuộc diện khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP thì được trích để lại 58% tổng số tiền phí thẩm định thực thu được để chi cho hoạt động thẩm định, thu phí và nộp 42% vào ngân sách nhà nước.

Tiền phí được để lại được quản lý và sử dụng theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120; trong đó, các khoản chi khác liên quan đến thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí, bao gồm cả: Chi phí kiểm tra, đánh giá tại cơ sở, tại địa điểm thực hiện dự án và tổ chức họp của hội đồng thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường (chi lấy ý kiến, bản nhận xét thẩm định, báo cáo thẩm định); mức chi theo quy định tại Thông tư số 02/2017/TT-BTC hướng dẫn quản lý kinh phí sự nghiệp bảo vệ môi trường.

Các nội dung khác liên quan đến thu, nộp, quản lý, sử dụng, chứng từ thu, công khai chế độ thu phí thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường không đề cập tại Thông tư này được thực hiện theo quy định tại Luật Phí và lệ phí, Nghị định số 120, Nghị định số 126/2020/NĐ-CP và Thông tư số 303/2016/TT-BTC./.

Minh Đức