Theo đó, đối với việc xử lý hồ sơ trong trường hợp người nộp thuế gửi sai đơn vị hải quan có thẩm quyền xử lý; sai phân hệ; sai đối tượng hoàn thuế, không thu thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa, theo Tổng cục Hải quan, trước mắt, khi Hệ thống miễn, giảm, hoàn thuế chưa được nâng cấp, các đơn vị không tiến hành xóa/hủy hồ sơ trên hệ thống miễn, giảm, hoàn thuế. Các đơn vị cần lập danh sách theo dõi riêng đối với các hồ sơ bị treo để phục vụ công tác báo cáo, thống kê, hỗ trợ thanh khoản sau khi hệ thống miễn, giảm, hoàn thuế được nâng cấp.

Tổng cục Hải quan cho rằng, mỗi hồ sơ khi gửi lên hệ thống miễn, giảm, hoàn thuế sẽ được tự động cấp số hồ sơ, mỗi hồ sơ là 1 số duy nhất. Do đó, việc xóa/hủy hồ sơ trên hệ thống miễn, giảm, hoàn thuế, mặc dù sẽ giúp thanh khoản hồ sơ còn treo/tồn nhưng sẽ dẫn đến việc trống số thứ tự đã cấp, không có lịch sử xử lý.

Đối với kiến nghị thiết lập bổ sung trên hệ thống miễn, giảm, hoàn thuế trong trường hợp “không thu thuế đối với hàng hóa thuộc đối tượng hoàn thuế” nhưng chưa nộp thuế theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 37a Nghị định 134/2016/NĐ-CP được bổ sung tại khoản 19 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP, theo Tổng cục Hải quan, thiết kế phân hệ “không thu thuế” trên Hệ thống MGH cho phép người nộp thuế gửi hồ sơ không thu thuế đến cơ quan hải quan trong 3 trường hợp.

Cụ thể, trường hợp thứ nhất là hồ sơ không thu thuế xuất nhập khẩu (XNK) có tờ khai XNK tương ứng không phải nộp thuế. Trường hợp thứ hai, hồ sơ không thu thuế XNK có tờ khai XNK tương ứng có phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn và thứ ba là hồ sơ không thu thuế XNK có tờ khai XNK tương ứng phải nộp thuế nhưng chưa nộp thuế.

Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị hải quan địa phương hướng dẫn người nộp thuế khi nộp hồ sơ không thu thuế đối với trường hợp không thu thuế đối với hàng hóa thuộc đối tượng hoàn thuế nhưng chưa nộp thuế theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 37a Nghị định 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 19 Điều 1 Nghị 18/2021/NĐ-CP thực hiện theo các trường hợp cụ thể.