Cụ thể theo hướng dẫn của Bộ Tài chính, trường hợp các đơn vị sự nghiệp của Nhà nước (ví dụ: Hạt giao thông, Phòng kinh tế và hạ tầng do UBND huyện quản lý,...) được giao nhiệm vụ thu các khoản phí vệ sinh thuộc Danh mục phí, lệ phí do Hội đồng nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định và thuộc ngân sách nhà nước theo quy định khoản 2, khoản 3 Điều 11 Nghị định số 57/2002/NĐ-CP ngày 3/6/2002 của Chính phủ thì các khoản phí vệ sinh đó thuộc đối tượng không phải chịu thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp các Công ty môi trường đô thị tại các địa phương được Nhà nước (Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố) giao cho việc thực hiện thu phí và các đơn vị này thực hiện theo nguyên tắc hạch toán, tự chủ tài chính và là một khoản thu không thuộc ngân sách nhà nước thì số tiền phí thu được là doanh thu của đơn vị và đơn vị phải kê khai, nộp thuế GTGT, TNDN theo quy định.

N.P