Cụ thể, Cục Hải quan đã khẩn trương ban hành công văn 11811 /CHQ-GSQL gửi các chi cục hải quan khu vực hướng dẫn chi tiết việc xử lý các vướng mắc phát sinh trong hoạt động gia công, sản xuất xuất khẩu, DNCX, xuất nhập khẩu tại chỗ và xuất nhập khẩu phi thuế quan.

Gỡ vướng Thông tư 121, thủ tục gia công, sản xuất xuất khẩu và xuất nhập khẩu tại chỗ. Ảnh: HA

Hướng dẫn nhằm giúp cộng đồng doanh nghiệp và các Chi cục Hải quan khu vực thống nhất cách thực hiện Thông tư 121/2025/TT-BTC (Thông tư 121) hạn chế ách tắc thủ tục trong giai đoạn đầu áp dụng quy định mới.

Theo Cục Hải quan, trong quá trình triển khai Thông tư 121, nhiều doanh nghiệp phản ánh khó khăn liên quan đến khai báo hải quan đối với hàng hóa gia công, sản xuất xuất khẩu, giao dịch giữa các DNCX và hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ. Trên cơ sở đó, cơ quan hải quan đã hướng dẫn cụ thể từng nhóm tình huống để thống nhất cách xử lý trên toàn hệ thống.

Một điểm đáng chú ý là cách thức khai báo tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ trong thời gian hệ thống chưa nâng cấp tự động xác nhận qua khu vực giám sát. Theo hướng dẫn, doanh nghiệp tiếp tục thực hiện khai báo theo Phụ lục I ban hành kèm Thông tư 121, đồng thời tuân thủ quy trình quản lý nội bộ giữa DNCX với doanh nghiệp nội địa hoặc giữa các DNCX.

Đối với hàng hóa nhập khẩu là sản phẩm gia công, sản xuất xuất khẩu hoặc DNCX để tái chế, thu hồi linh kiện, Cục Hải quan yêu cầu doanh nghiệp quản lý chặt nguyên liệu, vật tư thu hồi, phản ánh đầy đủ vào báo cáo quyết toán. Trường hợp có đưa hàng hóa ra khỏi doanh nghiệp hoặc chuyển tiêu thụ nội địa, phải khai báo theo đúng loại hình tương ứng và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế.

Với các trường hợp tạm xuất, tạm nhập, cơ quan Hải quan làm rõ: nếu hàng hóa đưa vào, đưa ra không làm thay đổi mã số, tên hàng, công dụng hay đặc tính cơ bản, doanh nghiệp sử dụng đúng mã loại hình đã được hướng dẫn. Trường hợp tạm xuất nhưng không tái nhập, hoặc tạm nhập để tiêu thụ nội địa, phải chuyển sang loại hình phù hợp và hoàn tất thủ tục theo quy định.

Ngoài ra, Cục Hải quan cũng lưu ý về nguyên tắc đối ứng giữa tờ khai xuất khẩu tại chỗ và tờ khai nhập khẩu tại chỗ: một tờ khai xuất phải tương ứng với một tờ khai nhập và ngược lại, nhằm bảo đảm minh bạch dòng hàng và phục vụ công tác quản lý, đối soát số liệu.

Một nội dung kỹ thuật khác được nhấn mạnh là việc cấp tài khoản tra cứu trên hệ thống quản lý doanh nghiệp cho các đơn vị hải quan cửa khẩu và ngoài cửa khẩu, nhằm phục vụ kiểm tra cơ sở sản xuất, hợp đồng gia công và báo cáo quyết toán. Mỗi đơn vị được cấp tối đa hai tài khoản để bảo đảm kiểm soát nhưng không gây gián đoạn nghiệp vụ.