Theo Bộ Tài chính, Thông tư được xây dựng trên cơ sở Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và Luật Hải quan đã được sửa đổi, bổ sung, cùng Nghị định số 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ.

Bộ Tài chính ban hành Thông tư mới về quản lý thuế xuất nhập khẩu. Ảnh: CHQ

Thông tư áp dụng đối với người nộp thuế, cơ quan hải quan, công chức hải quan và các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan đến công tác quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Điểm nổi bật của thông tư là quy định thống nhất toàn bộ quy trình quản lý thuế, từ khai thuế, nộp thuế, gia hạn, hoàn thuế đến xử lý tiền nộp thừa, tiền chậm nộp và miễn tiền chậm nộp. Trong đó, thủ tục điện tử tiếp tục được ưu tiên, người nộp thuế thực hiện khai báo qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và chỉ nộp hồ sơ giấy trong những trường hợp pháp luật quy định hoặc hệ thống chưa đáp ứng.

Đáng chú ý, thông tư quy định người nộp thuế không phải nộp lại các chứng từ đã có trên Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng Dịch vụ công, Cổng thông tin một cửa ASEAN hoặc các cơ sở dữ liệu quốc gia, cơ sở dữ liệu chuyên ngành đã kết nối với cơ quan hải quan. Cơ quan hải quan sẽ chủ động khai thác, đối chiếu thông tin trên các hệ thống này, góp phần giảm hồ sơ, giảm thời gian thực hiện thủ tục và hạn chế việc cung cấp trùng lặp tài liệu.

Thông tư cũng làm rõ thời hạn nộp thuế đối với nhiều trường hợp phát sinh sau thông quan như hàng hóa phải phân tích, phân loại, giám định; hàng hóa chưa có giá chính thức tại thời điểm đăng ký tờ khai; phát sinh phí bản quyền, phí giấy phép hoặc các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan. Theo đó, đối với nhiều trường hợp, người nộp thuế phải khai bổ sung và nộp số tiền thuế chênh lệch trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ thời điểm phát sinh hoặc theo yêu cầu của cơ quan hải quan.

Bên cạnh đó, thông tư hướng dẫn chi tiết hồ sơ, trình tự và thẩm quyền giải quyết gia hạn nộp thuế đối với doanh nghiệp gặp thiên tai, thảm họa, dịch bệnh, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ hoặc phải di dời cơ sở sản xuất theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Trong thời gian được gia hạn, người nộp thuế không phải nộp tiền chậm nộp đối với số tiền thuế được gia hạn.

Đối với xử lý tiền thuế nộp thừa, thông tư quy định cụ thể trình tự hoàn trả, bù trừ nghĩa vụ thuế và thời hạn giải quyết hồ sơ. Đồng thời, bổ sung cơ chế xử lý đối với trường hợp hoàn thuế không đúng quy định và quy định rõ các trường hợp được miễn hoặc không tính tiền chậm nộp, góp phần bảo đảm quyền lợi của người nộp thuế và nâng cao tính minh bạch trong quản lý thuế.