Chế độ kế toán theo khuôn khổ mới

Thông tư số 99/2025/TT-BTC (Thông tư 99) hướng dẫn chế độ kế toán doanh nghiệp được Bộ Tài chính ban hành ngày 27/10/2025, thay thế Thông tư số 200/2014/TT-BTC (Thông tư 200), có hiệu lực từ ngày 1/1/2026 và áp dụng cho năm tài chính bắt đầu từ hoặc sau thời điểm này. Thông tư được xây dựng trong bối cảnh Luật Kế toán đã được sửa đổi, bổ sung, với định hướng tăng cường phân cấp, giảm thủ tục hành chính và nâng cao vai trò quản trị nội bộ của doanh nghiệp.

Trao đổi với cộng đồng doanh nghiệp tại TP. Hồ Chí Minh về chính sách mới này, bà Hà Thị Phương Thanh - Phó Trưởng phòng Quản lý, giám sát kiểm toán (Cục Quản lý, giám sát kế toán, kiểm toán - Bộ Tài chính) cho biết, Thông tư 99 được xây dựng trên các nguyên tắc: kế thừa các quy định còn phù hợp của Thông tư 200; sửa đổi, khắc phục những bất cập của cơ chế cũ; tiếp cận thông lệ quốc tế trên nền tảng Chuẩn mực kế toán Việt Nam (VAS); tăng cường phân cấp, phân quyền cho doanh nghiệp; đồng thời tạo sự chủ động, linh hoạt trong hạch toán các giao dịch kinh tế.

Cùng với việc áp dụng chuẩn mực kế toán mới đối với doanh nghiệp, công tác quản lý nhà nước trong lĩnh vực kế toán cũng được tăng cường. Ảnh tư liệu

Thông tư 99 hướng dẫn về chứng từ kế toán, hệ thống tài khoản kế toán, ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính. Trong đó, một điểm nhấn quan trọng là quy định về công tác quản trị và kiểm soát nội bộ (Điều 3).

Theo quy định, doanh nghiệp có trách nhiệm tự xây dựng quy chế quản trị nội bộ hoặc các tài liệu tương đương, nhằm phân định rõ quyền, nghĩa vụ và trách nhiệm của các bộ phận, cá nhân liên quan đến việc tạo lập, thực hiện, quản lý và kiểm soát các giao dịch kinh tế phát sinh.

Cùng với đó, người làm công tác kế toán được bổ sung thẩm quyền rõ ràng hơn. Trường hợp người làm kế toán có ý kiến chuyên môn khác với Kế toán trưởng hoặc người đại diện theo pháp luật, họ được quyền bảo lưu ý kiến và báo cáo lên cấp cao hơn. Trong trường hợp vẫn phải thực hiện quyết định của cấp trên, người làm kế toán được bảo vệ và không phải chịu trách nhiệm đối với việc thực hiện quyết định đó.

Theo bà Hà Thị Phương Thanh, các quy định tại Thông tư 99 tăng quyền chủ động cho doanh nghiệp trong tổ chức bộ máy kế toán và công tác kế toán tại đơn vị trực thuộc. Doanh nghiệp được quyết định cách thức ghi nhận vốn cấp cho đơn vị phụ thuộc, ghi nhận hoặc không ghi nhận doanh thu, giá vốn đối với các giao dịch luân chuyển nội bộ. Doanh nghiệp cũng được quyền quyết định việc đơn vị trực thuộc có lập báo cáo tài chính hay không. Tuy nhiên, báo cáo tài chính của doanh nghiệp nộp cho cơ quan có thẩm quyền hoặc công khai vẫn phải bao gồm đầy đủ thông tin tài chính của cả trụ sở chính và các đơn vị trực thuộc, trên cơ sở loại trừ các giao dịch nội bộ.

Về đơn vị tiền tệ trong kế toán, Thông tư 99 tiếp tục khẳng định đồng Việt Nam là đơn vị tiền tệ kế toán theo Luật Kế toán, đồng thời hướng dẫn chi tiết hơn các tiêu chí để doanh nghiệp được lựa chọn ngoại tệ làm đơn vị tiền tệ kế toán. Bên cạnh đó, doanh nghiệp được chủ động thiết kế, sửa đổi, bổ sung chứng từ, sổ kế toán và hệ thống tài khoản kế toán, nhưng phải ban hành Quy chế hạch toán kế toán hoặc tài liệu tương đương và chịu trách nhiệm trước pháp luật.

Thông tư 99 cũng có nhiều thay đổi lớn về hệ thống tài khoản kế toán và phương pháp hạch toán các nghiệp vụ quan trọng. Đồng thời cho phép doanh nghiệp bổ sung chỉ tiêu trên báo cáo tài chính, với điều kiện tuân thủ nguyên tắc lập, trình bày và thuyết minh đầy đủ.

Doanh nghiệp cần chủ động cập nhật

Trao đổi với phóng viên Thời báo Tài chính Việt Nam về Thông tư 99, bà Nguyễn Thị Thùy Dương - Tổng Giám đốc Công ty TNHH Dịch vụ Tư vấn thuế Hinh Lam cho biết, dù thông tư này áp dụng cho tất cả doanh nghiệp đang thực hiện theo Thông tư 200, nhưng nhóm doanh nghiệp lớn, hoạt động đa ngành sẽ chịu tác động mạnh nhất, tiếp đến là doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI).

Để tránh rủi ro do “độ trễ” trong cập nhật chính sách và sai sót hệ thống, theo bà Dương, việc đầu tiên doanh nghiệp cần làm là rà soát, cập nhật quy chế nội bộ. Trường hợp doanh nghiệp tự ý mở thêm tài khoản hoặc sửa đổi mẫu chứng từ mà không ban hành quy chế hạch toán kế toán tương ứng, các bút toán phát sinh có thể bị cơ quan thuế loại bỏ do không đủ căn cứ pháp lý.

Bên cạnh đó, doanh nghiệp cần nâng cấp hệ thống công nghệ thông tin, đặc biệt là phần mềm kế toán, để cập nhật danh mục tài khoản mới và thực hiện chuyển đổi số dư từ hệ thống kế toán theo Thông tư 200 sang Thông tư 99 tại thời điểm ngày 1/1/2026.

Một nội dung quan trọng khác là đào tạo lại đội ngũ kế toán theo hướng tiếp cận bản chất giao dịch. Bà Dương nhấn mạnh, Thông tư 99 tiệm cận chuẩn mực báo cáo tài chính quốc tế (IFRS), đòi hỏi kế toán không chỉ ghi nhớ số hiệu tài khoản, mà phải hiểu bản chất kinh tế của giao dịch, như đánh giá tài sản theo giá trị hợp lý hoặc trích lập dự phòng tổn thất đối với tài sản sinh học. Những nội dung này yêu cầu trình độ chuyên môn cao hơn trước.

Đồng thời, doanh nghiệp cần rà soát tính tương thích giữa kế toán và thuế. Mặc dù chế độ kế toán theo Thông tư 99 linh hoạt hơn, song doanh nghiệp vẫn phải thực hiện nghĩa vụ thuế theo Luật Thuế. Việc xác định rõ các khoản chênh lệch giữa lợi nhuận kế toán và thu nhập chịu thuế phát sinh từ việc áp dụng các nguyên tắc mới là cần thiết để tránh rủi ro bị truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp.

“Thông tư 99 không chỉ là một bản cập nhật về tài khoản, mà là một cuộc cải cách về tư duy kế toán, dịch chuyển từ tuân thủ mẫu biểu sang quản trị và bản chất. Doanh nghiệp cần chủ động cập nhật và nâng cấp để tránh rủi ro” - bà Dương nhấn mạnh.

Cùng quan điểm, bà Nguyễn Thị Diễm My - Chủ tịch Hội đồng thành viên Công ty TNHH ASQTAX cũng cho rằng, việc doanh nghiệp không xây dựng các quy chế nội bộ, hoặc chỉ xây dựng mang tính hình thức, sẽ tiềm ẩn nhiều rủi ro pháp lý. Bởi khi thanh tra, kiểm tra, các quy chế này là căn cứ để cơ quan chức năng đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật và năng lực quản trị của doanh nghiệp. Nếu không có hoặc không áp dụng thực tế, doanh nghiệp dễ bị xử phạt hành chính và buộc khắc phục vi phạm.

Đáng lưu ý, nhiều khoản chi như tiền lương, tiền thưởng, hoa hồng hay phúc lợi chỉ được chấp nhận khi có quy chế nội bộ rõ ràng và được thực hiện thống nhất. Trường hợp quy chế mang tính đối phó, cơ quan thuế có thể loại chi phí, truy thu thuế và áp dụng các biện pháp xử phạt theo quy định.

Ngoài ra, khi phát sinh tranh chấp lao động hoặc rủi ro pháp lý nghiêm trọng, việc thiếu quy chế hoặc quy chế không có hiệu lực khiến doanh nghiệp mất cơ sở bảo vệ mình, thậm chí làm gia tăng trách nhiệm pháp lý của người quản lý. Do đó, xây dựng và thực thi quy chế nội bộ bài bản không chỉ là yêu cầu tuân thủ pháp luật, mà còn là yếu tố then chốt để doanh nghiệp vận hành an toàn và bền vững.

“Doanh nghiệp nên rà soát toàn bộ quy trình kế toán, thuế và quản lý hóa đơn để xác định các nội dung chịu tác động trực tiếp, tránh tình trạng điều chỉnh manh mún, phát sinh sai sót trong quá trình thực hiện. Đồng thời chủ động cập nhật, hoàn thiện các quy chế nội bộ và đào tạo lại đội ngũ kế toán, quản lý để bảo đảm áp dụng thống nhất. Điều này giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro về kê khai, quyết toán và giảm áp lực khi cơ quan thuế, kiểm toán vào làm việc” - bà Diễm My chia sẻ.