Theo Cục Hải quan, trong thời gian đầu thực hiện Thông tư số 121/2025/TT-BTC, sửa đổi, bổ sung một số điều của các thông tư quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, nhiều doanh nghiệp và chi cục hải quan khu vực đã phát sinh vướng mắc trong quá trình áp dụng thực tế.

Cán bộ Hải quan khu vực X giải quyết tờ khai nhập khẩu cho doanh nghiệp. Ảnh: HA

Các vướng mắc tập trung vào hồ sơ, thủ tục, cách thức khai báo, xác định nghĩa vụ thuế cũng như việc áp dụng thống nhất giữa các đơn vị.

Trên cơ sở tổng hợp ý kiến từ cộng đồng doanh nghiệp và các chi cục hải quan khu vực, Cục Hải quan đã rà soát, phân loại và ban hành hướng dẫn xử lý đối với các vướng mắc tiêu biểu theo bảng tổng hợp kèm theo công văn. Việc hướng dẫn được thực hiện căn cứ đầy đủ các quy định tại Thông tư số 121/2025/TT-BTC, bảo đảm đúng pháp luật, đồng thời tạo thuận lợi cho hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu.

Cục Hải quan yêu cầu các chi cục hải quan khu vực tổ chức nghiên cứu kỹ nội dung công văn và bảng tổng hợp hướng dẫn, triển khai thực hiện thống nhất trong toàn đơn vị. Đồng thời, các đơn vị có trách nhiệm thông báo công khai nội dung hướng dẫn để doanh nghiệp biết, thực hiện, hạn chế phát sinh vướng mắc mới trong quá trình làm thủ tục hải quan.

Theo bảng tổng hợp kèm Công văn số 8444/CHQ-GSQL, các vướng mắc phát sinh trong quá trình triển khai Thông tư 121/2025/TT-BTC chủ yếu tập trung vào một số nhóm nội dung.

Về hồ sơ, thủ tục hải quan: Một số doanh nghiệp và chi cục hải quan còn lúng túng trong việc xác định thành phần hồ sơ, hình thức nộp hồ sơ và thời điểm áp dụng quy định mới sau khi Thông tư 121 có hiệu lực.

Về khai báo hải quan: Phát sinh vướng mắc liên quan đến chỉ tiêu thông tin trên tờ khai, cách thức khai báo trong hệ thống điện tử và việc điều chỉnh, bổ sung thông tin khi có thay đổi so với quy định trước đây.

Về xác định nghĩa vụ thuế: Một số trường hợp chưa thống nhất trong áp dụng quy định về trị giá, thuế suất, thời điểm tính thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 121.

Về kiểm tra, giám sát hải quan: Khó khăn trong việc áp dụng quy trình kiểm tra, giám sát đối với một số loại hình, mặt hàng cụ thể khi quy định mới có sự điều chỉnh so với các thông tư trước đó.

Cục Hải quan đã hướng dẫn cụ thể từng trường hợp theo đúng căn cứ pháp lý, yêu cầu các chi cục hải quan khu vực thực hiện thống nhất, đồng thời công khai để doanh nghiệp nắm rõ và thực hiện, hạn chế phát sinh vướng mắc mới.