Trả lời Cục Thuế tỉnh Ninh Thuận về những vướng mắc trong quá trình kiểm tra sau hoàn thuế, Tổng cục Thuế cho biết, căn cứ hướng dẫn của Bộ Tài chính về việc tăng cường quản lý thuế đối với các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế, trường hợp doanh nghiệp có mua hàng hóa, sử dụng hóa đơn đầu vào trực tiếp của doanh nghiệp bỏ trốn khỏi địa điểm kinh doanh có dấu hiệu mua bán hóa đơn bất hợp pháp, nhưng chưa có kết luận chính thức của cơ quan thuế hoặc các cơ quan chức năng (bao gồm cả trường hợp phát hiện dấu hiệu vi phạm trước ngày Bộ Tài chính ban hành công văn số 7527/BTC-TCT) và doanh nghiệp đã được hoàn thuế thì Cục Thuế thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết để kê khai điều chỉnh thuế GTGT.

Trường hợp doanh nghiệp khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn GTGT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định pháp luật thì doanh nghiệp phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật về hồ sơ kê khai, hoàn thuế GTGT của mình.

Trên cơ sở đó Cục Thuế thực hiện thanh tra tại doanh nghiệp để kết luận và xử lý vi phạm theo quy định. Trong quá trình thanh tra tại doanh nghiệp Cục Thuế phải phối hợp với cơ quan thuế trực tiếp quản lý doanh nghiệp có dấu hiệu mua bán hóa đơn bất hợp pháp để kiểm tra hồ sơ kê khai thuế của doanh nghiệp này, xác minh, kết luận hành vi vi phạm của doanh nghiệp liên quan đến các hóa đơn mà doanh nghiệp mua đã sử dụng để kê khai khấu trừ, hoàn thuế GTGT.

Trường hợp qua thanh tra, kiểm tra phát hiện có dấu hiệu vi phạm nghiêm trọng pháp luật thuế, có dấu hiệu tội phạm thì cơ quan thuế thực hiện lập và chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để điều tra truy cứu trách nhiệm hình sự.

Trường hợp qua thanh tra, kiểm tra phát hiện có dấu hiệu vi phạm nghiêm trọng pháp luật thuế, có dấu hiệu tội phạm thì cơ quan thuế thực hiện lập và chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để điều tra truy cứu trách nhiệm hình sự, theo dõi, xử lý theo hướng dẫn tại công văn số 16465/BTC-PC ngày 27/11/2013 của Bộ Tài chính về việc chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để kiến nghị truy cứu trách nhiệm hình sự./.

N.P