Theo Cục Hải quan, trong thời gian qua, thông qua các hội nghị tập huấn, đối thoại với doanh nghiệp và phản ánh của các đơn vị hải quan địa phương, nhiều vướng mắc đã được ghi nhận liên quan đến việc lựa chọn địa điểm làm thủ tục hải quan, đặc biệt đối với trường hợp một doanh nghiệp nội địa thuê nhiều doanh nghiệp chế xuất gia công tại các địa bàn quản lý hải quan khác nhau.

Cán bộ hải quan kiểm tra hàng hóa. Ảnh: CTV HQ

Để bảo đảm thực hiện thống nhất, Cục Hải quan hướng dẫn doanh nghiệp được lựa chọn địa điểm làm thủ tục hải quan theo quy định tại Điều 67 hoặc điểm b khoản 2 Điều 76 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 121/2025/TT-BTC.

Theo đó, doanh nghiệp nội địa có thể lựa chọn thực hiện các thủ tục thông báo hợp đồng gia công, báo cáo quyết toán, xuất khẩu nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị và nhập khẩu sản phẩm tại cơ quan hải quan quản lý nơi đặt trụ sở chính, cơ sở sản xuất hoặc tại cơ quan hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất.

Đáng chú ý, trong trường hợp cơ quan hải quan tiếp nhận tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu không trùng với cơ quan đã tiếp nhận hợp đồng gia công, công chức hải quan được giao xử lý hồ sơ sẽ tra cứu thông tin hợp đồng, phụ lục hợp đồng của doanh nghiệp trên phạm vi toàn quốc thông qua hệ thống GCSXXK-WEB. Trên cơ sở dữ liệu tập trung này, cơ quan hải quan sẽ thực hiện xử lý tờ khai theo đúng quy định, không yêu cầu doanh nghiệp thực hiện lại các thủ tục đã khai báo trước đó.

Đối với các hợp đồng gia công đã được thông báo trước khi có hướng dẫn mới và chưa đến thời hạn nộp báo cáo quyết toán, doanh nghiệp tiếp tục thực hiện báo cáo quyết toán năm 2026 tại cơ quan hải quan đã tiếp nhận hợp đồng gia công. Trong khi đó, các thủ tục xuất khẩu nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị và nhập khẩu sản phẩm vẫn được thực hiện tại cơ quan hải quan quản lý địa bàn nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính, cơ sở sản xuất hoặc nơi quản lý doanh nghiệp chế xuất.