Dẫn chiếu quy định pháp luật, Tổng cục Hải quan nêu: Đối với hàng hóa phải kiểm tra, phân tích, giám định để xác định có đủ điều kiện được XNK, cơ quan hải quan chỉ thực hiện thông quan hàng hóa sau khi xác định hàng hóa được XNK trên cơ sở kết luận kiểm tra, phân tích, giám định hoặc thông báo miễn kiểm tra của cơ quan kiểm tra chuyên ngành theo quy định của pháp luật.
Ngoài ra, người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo hoặc được hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
Tờ khai hải quan đã đăng ký nhưng hàng hóa không đáp ứng các quy định về quản lý, kiểm tra chuyên ngành, sau khi xử lý vi phạm với hình thức phạt bổ sung là buộc phải tái xuất hoặc tiêu hủy.
Đối chiếu với các quy định này, theo Tổng cục Hải quan, trường hợp DN đăng ký tờ khai NK nhưng hàng hóa NK bị xử lý vi phạm và buộc tái xuất do không đủ điều kiện NK, tờ khai NK chưa được thông quan và đã hủy sau khi tái xuất hàng thì hàng hóa chưa đủ điều kiện được NK vào Việt Nam.
Trường hợp tờ khai hải quan được sửa, hủy theo các quy định về pháp luật hải quan dẫn đến giảm số thuế phải nộp thì số tiền thuế đã nộp thuộc đối tượng được xem xét xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019.
