Nguyên tắc cốt lõi của pháp luật về thuế GTGT đầu vào là chỉ được khấu trừ đối với phần thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua để phục vụ sản xuất, kinh doanh mặt hàng chịu thuế GTGT. Điều này đòi hỏi cơ sở kinh doanh phải nâng cao năng lực kế toán để hạch toán riêng biệt giữa phần thuế GTGT “được khấu trừ” và “không được khấu trừ”.

Đại lý thuế phối hợp hướng dẫn chính sách thuế cho doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa.

Tuy nhiên, trên thực tế, không phải lúc nào doanh nghiệp cũng có thể tách bạch hoàn toàn giá trị hàng hóa và thuế GTGT đầu vào. Theo quy định, trường hợp doanh nghiệp không hạch toán riêng được, thì số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ % giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT với tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra trong kỳ tính thuế.

Để giải quyết bài toán này, Nghị định số 144/2026/NĐ-CP (sửa đổi Nghị định số 181/2025/NĐ-CP) đã đưa ra công thức phân bổ theo tỷ lệ % doanh thu một cách phù hợp và cụ thể hơn.

Trong đó, tỷ lệ % phân bổ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ = (bằng) doanh thu chịu thuế GTGT (gồm doanh thu chịu thuế GTGT và doanh thu không phải kê khai tinh nộp thuế GTGT)/(chia) tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra trong kỳ tính thuế (gồm doanh thu chịu thuế GTGT, doanh thu không phải kê khai thuế GTGT và doanh thu không chịu thuế GTGT).

Tỷ lệ % thuế đầu vào được khấu trừ = (Doanh thu chịu thuế GTGT + Doanh thu không phải kê khai tính thuế GTGT)/Tổng doanh thu bán ra.

Điểm đáng chú ý là cách xác định “tổng doanh thu bán ra” để làm mẫu số cho việc tính tỷ lệ khấu trừ. Theo đó, tổng doanh thu hiện nay đã bao quát hầu hết các hoạt động đặc thù: bao gồm cả doanh thu chịu thuế và không chịu thuế GTGT, doanh thu không phải kê khai tính nộp thuế GTGT; bổ sung giá trị gia tăng từ hoạt động kinh doanh vàng bạc, đá quý (trừ trường hợp giá trị gia tăng âm); quy định rõ cách xác định doanh thu cho các lĩnh vực đặc thù như: tài chính - ngân hàng, chứng khoán và bảo hiểm.

Đặc biệt, quy định mới đã bổ sung doanh thu của các hàng hóa không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT (theo Luật Thuế GTGT năm 2024) vào tử số (thuộc nhóm doanh thu chịu thuế GTGT). Điều này đã cụ thể hóa để hiểu đúng, thuận lợi hơn cho doanh nghiệp, giúp tăng tỷ lệ và số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, từ đó giảm bớt gánh nặng chi phí thuế, nhất là đối với doanh nghiệp có doanh thu hàng hóa dịch vụ không phải kê khai tính, nộp thuế GTGT lớn.

Việc xác định rõ ràng các khoản mục nằm trong “tổng doanh thu” cũng như trong phần “doanh thu chịu thuế GTGT” đã giúp thống nhất về cách tính để phân bổ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ theo quy định của Luật Thuế GTGT. Đồng thời, góp phần tháo gỡ khó khăn, tạo điều kiện cho các doanh nghiệp, nhất là doanh nghiệp kinh doanh sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường trong hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Do vậy, các doanh nghiệp cần nắm bắt sớm để đáp ứng cách tính mới này, đảm bảo tính đúng, tính đủ, tối ưu hóa quyền lợi trong việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Ví dụ: Doanh nghiệp có số thuế GTGT đầu vào dùng chung (không hạch toán riêng được cho các hoạt động kinh doanh) là 200 triệu đồng; doanh thu bán ra trong kỳ là 1 tỷ đồng (bao gồm doanh thu chịu thuế GTGT là 500 triệu đồng; doanh thu không phải kê khai tính, nộp thuế GTGT là 300 triệu đồng; doanh thu không chịu thuế GTGT là 200 triệu đồng).

Khi thực hiện theo Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, nếu hiểu doanh thu chịu thuế GTGT không bao gồm doanh thu không phải kê khai tính, nộp thuế thì: % phân bổ thuế GTGT được khấu trừ = Doanh thu chịu thuế GTGT/Tổng doanh thu bán ra trong kỳ = 500 triệu đồng/1 tỷ đồng = 50%; số thuế GTGT được phân bổ khấu trừ là 100 triệu đồng;

Nghị định số 144/2026/NĐ-CP quy định rõ doanh thu chịu thuế GTGT (bao gồm cả doanh thu không phải kê khai tính nộp thuế), thì: % phân bổ thuế GTGT được khấu trừ = Doanh thu chịu thuế GTGT/Tổng doanh thu bán ra trong kỳ = (500 triệu đồng + 300 triệu đồng)/1 tỷ đồng = 80%; nên số thuế GTGT được phân bổ khấu trừ là 160 triệu đồng./.